技能组合是战斗的核心策略之一。忍者们的技能往往可以通过特定顺序或搭配释放，形成更强力的组合技。比如阿飞的地雷原术与设置炸弹大成功可以形成范围伤害与控制效果，而伊豆野山葵的猫的抱抱与猫的冲击能触发多段爪击和踢击。合理利用这些组合技不仅能提升输出效率，还能打乱对手节奏。需部分组合技需要消耗奥义点或特定条件触发，提前熟悉忍者的技能机制是关键。
不同忍者的技能属性存在克制关系，比如火克风、风克雷等。战斗中可以根据对手的忍者属性调整技能释放顺序，利用克制关系放大伤害。面对地面技能型忍者时，阿飞的空中技能地雷原术能有效压制，而遇到空中技能型角色则需谨慎使用。部分组合技附带无敌帧或格挡效果，比如黑土的轻重岩形态一技能可躲避高伤害攻击，这类技能在关键时刻能扭转战局。
秘卷与奥义的搭配也是技能组合的重要部分。携带BUFF型秘卷如禁术-阴愈伤灭或风遁-风沙阵能增强忍者的持续作战能力，而输出型秘卷如木遁-扦插之术可与技能联动，例如阿飞的地雷原术搭配扦插能实现长时间控制。奥义技能通常作为终结手段，但部分忍者如夏日鼬的月读可在连招中衔接，形成高爆发 combo。建议优先练习秘卷与技能的衔接流畅度。
团队战中，忍者之间的羁绊组合技能能大幅提升整体战力。例如雏田与鸣人可触发九尾查克拉守护，增强防御与奥义效果；大蛇丸与晓组织成员组合能激活四紫炎阵提升全队抗性。这类组合需要羁绊等级达到25级且阵容匹配，因此提前规划忍者收集和培养方向很重要。若想最大化输出，可围绕核心忍者如秽土阿斯玛构建阵容，利用其被动叠加与队友的辅助技能打出爆发。
比如面对控制型阵容时，可优先使用防反技能如夏日鼬的幻术·写轮眼，或在敌方替身后用空中技能反制。练习时建议从基础连招开始，逐步掌握技能冷却与替身时机。多观察高手对决录像，学习他们的技能释放节奏和走位技巧，能更快提升战斗意识。没有绝对完美的组合，只有最适合当前战局的应对方式。
